La Compañía de Jesús informa el sensible fallecimiento del Padre José María Tojeira, fungió como vocero de los jesuitas.
En 1985 es enviado a El Salvador con el nombramiento superior de los estudiantes de teología de la Compañía de Jesús. Dicho cargo lo ostento desde 1985 hasta 1988.
Posteriormente, fue provincial de los jesuitas para Centroamérica de 1988 a 1995.
En 1989, tras el asesinato de seis sacerdotes jesuitas en las instalaciones de la Universidad Centro Americana José Simeón Cañas (UCA), Tojeira lideró el proceso legal en contra de los miembros de la Fuerza Armada de El Salvador, condenados como autores materiales del crimen.
En 1997 asumió como rector de la Universidad Centroamericana. Se le considera continuador de la obra del rector Ignacio Ellacuría, ya que, durante su gestión, la Universidad, mantuvo su tradicional proyección social y su línea de pensamiento progresista en temas sociales.
A finales del año 2011, dejó su cargo en la rectoría de la UCA, pasando a ser el párroco y director de la Pastoral Universitaria, «La Pasto UCA».
